O jogo toma lugar logo após The King of Fighters XI. O lutador Ash Crimson absorveu os poderes de dois dos descendentes dos clãs que selaram Orochi há 1800 anos atrás, Chizuru Kagura e Iori Yagami, e agora Kyo Kusanagi é seu ultimo alvo. Enquanto Elisabeth Blanctorche se prepara para impedir Ash, os lutadores recebem um convite para outro torneio King of Fighters, promovido por uma pessoa identificada como "R".
Não passava de Rose Bernstein, a filha de Rugal, Adel não entendeu os motivos de sua irmã recomeçar com o torneio, então a questiona sobre isso. Rose apenas diz que se ele queria participar que poderia entrar sem problema algum. E sai dizendo que não pode se atrasar para cerimonia de abertura.
Um fato interessante foi o aparecimento de Vice e Mature, até então a informação era que estavam mortas, desde quando Iori perdeu o controle no termino do campeonato de 96, assim matando ambas. Mas elas continuaram por todos esses anos vivendo como sombras, e atormentando os sonhos de Iori, já que ele era o único Hakkeshu vivo, mesmo não simpatizando com o reviver de Orochi, Iori era o único membro com a maldição ainda vivo, existiam algumas pessoas com sangue Orochi como Leona e Yamazaki, mas estes não tinham o pacto formado assim como um Yagami.
Aproveitando-se do enfraquecimento do selo, elas conseguem se materializar e decidem ajudar Iori a conseguir seus poderes de volta, pois sem suas chamas as mesmas acreditavam que ele nunca conseguiria vencer, Iori aceita mais uma vez a aliança, acreditando que seria a oportunidade perfeita para acabar com Ash e conseguir seus poderes novamente.
Outro fato foi o time Kim, aparecendo com dois estreantes no torneio.
Hwa Jai e Raiden, dois antigos lacaios de Geese, depois que se desvincularam a ele, cada um decidiu viver sua vida normalmente. Eles se encontram em South Town e decidem não abandonar o rumo da luta. Kim os encontra, e como são ex-lacaios do Geese, decide integra-los no projeto de reabilitação, ja que acreditava que seus antigos pupilos já haviam se convertido por completo, ambos aceitam o convite de Kim, mas cada um com um pensamento próprio, Hwa Jai, apenas queria uma chance de se vingar de Joe Higashi, o homem que o vencera em outro grande torneio anos atrás, e Raiden apenas queria levantar seu nome como grande lutador de pro wrestling, reestabelecendo sua honra e fama como lutador mascarado.
Ele descobre que embaixo do estádio tem uma câmara secreta, com elementos preparados para um grande ritual. Com essa informação Heidern manda seus agentes especiais para uma busca.
Sua equipe especial de agentes era composta por antigos conhecidos, Seth ex-NESTS e líder do esquadrão, Vanessa também ex-NESTS, Ramon e a renomada agente Mary.
Eles investigam tudo por fora e dentro do estádio, procurando pistas até que conseguem chegar ao local exato do ritual.
O clima estava quente no estádio muitos antigos participantes estavam presente para torcer por seus amigos ou verem seus rivais caindo, e com a volta das regras inicias do torneio, alguns ficaram mais excitados. E eu um canto isolado estava Chizuru e Shingo, Shingo estava eufórico com as lutas, mas Chizuru muito preocupada, acreditando que poderia este ser o fim da humanidade. Se Ash conseguisse a relíquia de Kyo, seria o fim do selo de Orochi e o inicio da destruição.
Neste mesmo momento Shroom, estudo algo sobre o ritual, parece que tem seus proprios planos.
Shroom foi o homem que invadiu o barco e roubou o corpo de Magaki no torneio passado, e também o tapa olho de Heidern.
Nessa altura do torneio, Ash assistia a tudo de longe, sabendo que Rose estava sendo controlada por Botan. E como sempre ele tinha seus próprios planos. Desta vez havia entrado como personagem especial, podendo participar sem um time.
Quando o time vencedor entra no Rose Stadium no final do torneio, Saiki coloca seu plano em ação. Ele congela o tempo e então ele e os Those From the Past restantes aparecem para enfrentar os vencedores. Saiki manda os outros membros irem e completarem suas tarefas, mas Mukai solicita uma oportunidade para enfrentar os vencedores em nome de Saiki. Apesar de sua demonstração de lealdade, Saiki se irrita pela insubordinação de Mukai, e pensando que ele poderia falhar novamente, friamente o mata, absorvendo os seus poderes. Então Saiki se transforma para sua forma ascendente e começa a lutar contra os vencedores. Saiki pretende usar a energia gasta pela equipe vencedora para auxiliá-lo a atravessar o tempo. No entanto, no ápice da batalha, Botan nota que o portão que os ligam ao passado está começando a se fechar, apesar de todo o esforço na batalha. E antes que Saiki possa agir, ele é emboscado por Ash Crimson, que rouba os seus poderes. É revelado então que, embora Ash tenha sido convocado por Saiki para obter os Três Tesouros Sagrados e alimentar o portal do tempo, ele não tinha a intenção de ajudar Saiki.
Logo após o desaparecimento de Ash, Chizuru se espanta com a volta de seus poderes, Adel pega nos braços sua irmã, que não estava mais sendo controlada por Botan, e, Iori mais uma vez pega sua relíquia, e é questionado por Vice e Mature se realmente quer continuar com essa maldição, Iori não responde, e apenas contempla o seu poder novamente, como o selo de Orochi foi restabelecido, elas começam a desaparecer, e prometem para Iori que ainda o atormentaram por seus sonhos, e desaparecem. No mesmo momento Iori vai a busca de Kyo, e o desafia, assim tornando a comemoração de encerramento em um ardente campo de combate.
Depois de todos os acontecimentos, Shen e Duo Lon decidem deixar Elisabeth sozinha, para que ela possa chorar por sua perda.
E quando todos acreditavam ser o fim, uma antiga figura aparecendo dentro do portão, diante de Shroom, era Shion que ainda estava vivo, mesmo depois de ter sido jogado lá por Magaki, o que o passar do tempo nos reserva.
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