Rugal estava morto, Goenitz também morreu, Orochi foi selado, NESTS acabou e todos os lutadores puderam ter mais um ano de descanso, porém eles tiveram que dispensar o descanso e voltaram a aprimorar suas técnicas, pois o torneio retornou no ano de 2003.
O torneio foi patrocinado por um desconhecido, cuja identidade tornou-se uma questão de interesse no país. Talvez como resultado desta publicidade, atraiu um grande número de competidores.
Com a volta do time, em trio, e o início da nova regra "multi-shift" no torneio KOF, onde os concorrentes podem trocar livremente de lutadores durante as batalhas, a competição desenvolveu-se em um fenômeno social e monopolizou as discussões em torno do mundo. Jornais e revistas reuniram artigos de cada semana, e o mundo comentou sobre essa nova regra. Isso também exigiu simultaneamente uma execução rápida do torneio e uma estratégia de equipe unificada.
Novos trios foram formados. Primeiramente o que espanta é o novo time Heróis( Hero Team), composto de três guerreiros desconhecidos.
Primeiro integrante era Ash Crimson, um rapaz desconhecido que ninguém sabia qual era seu propósito no torneio, a única coisa que todos podiam perceber era sua capacidade de usar chamas especiais.
Shen Woo de aparência selvagem, conhecido por ter crescido em Xangai e também por ter criado seu próprio estilo de boxe de rua, considerado extremamente violento, ele foi encontrado por Ash, que o chama para entrar no time, Shen não se importa com o que Ash vai fazer, apenas entra no torneio para lutar contra os adversários mais fortes.
Duo Lon, um membro do clã Hizoku, Duo Lon esta a procura de seu pai, Ron, Ron traiu o clã e Duo Lon decidiu encontra-lo e destruí-lo para estabelecer sua honra. Encontrado por Ash, entra no time juntamente com Shen, sem saber os planos de Ash, mas acredita ser uma ótima oportunidade para encontrar Ron.
Alguns times sofreram mudanças, um exemplo foi a formação do time Fora da lei(Outlaw Team).
Gato Fubata um homem que estudou artes marciais desde a juventude, supostamente seu pai assassina sua mãe, então ele decide persegui-lo para se vingar, mas teve que entrar no campeonato fazendo time com os foras da lei, Ryuji Yamazaki e Billy Kane a mando de Geese, pois caso ele não coopera-se eles iriam fazer mal a sua irmã.
Tizoc um campeão de wrestling profissional, a adição ao time Fatal Fury(Fatal Fury Team), foi convidado diretamente por Terry Bogard, pois seu irmão Andy não poderia participar, por estar cuidando de um de seus discípulos que havia ficado muito doente. Como Tizoc estava no inicio de sua carreira decidiu entrar no torneio, não por dinheiro ou fama, mas verdadeiramente pelo espirito de luta.
Athena uniu-se a Hinako, já que Kensou e Bao estavam em um treinamento especial com Chin, na falta de um terceiro integrante encontraram Malin.
Malin é de uma organização desconhecida, que tem como finalidade conseguir informação sobre todos os estilos de luta. De inicio não foi aceita a entrar no time, já que era uma desconhecida para as outras, mais com muita velocidade rouba as fitas de cabelo de Athena e Hinako, deixando uma mensagem em uma delas, depois deste gesto de velocidade, as garotas concordam em deixa-la entrar para equipe. Malin usa muitas armas, algumas são até ilegais no torneio.
K' participa do torneio contra sua vontade, pois foi indicado pelo velho Chin Gensai a participar, pois pressentia uma misteriosa força maligna por trás daquele KOF. K' sem acreditar, é indicado a fechar os olhos, quando vê a imagem de um ser enorme e maligno.
E mais uma vez Kyo Kusanagi e Iori Yagami entrão como personagens especiais sem time.
E ShingoYabuki entra para completar o time de Benimaru e Daimon.
O torneio começa, e o time formado por Ash Crimson mostra ao que veio, chegando às finais.
Enquanto Kyo e Iori assistem a luta, um rapaz com uma incrível semelhança a Kyo se aproxima e apresenta-se como Kusanagi e começa a atacar Kyo e Iori, porem Kusanagi é derrotado facilmente, e eles se perguntam quem teria sido o mandante desse ataque.
O time de K' e o novo time dos heróis se preparam para a luta final. Enquanto isso, Kyo e Iori são atacados por Chizuru e Maki, sem saber os motivos, ambos precisaram lutar.
Durante a luta descobrem que Maki e Kusanagi foram invocados através de uma ilusão criada pelo poder do espelho Yata pertencente à Chizuru.
No torneio, K' e Ash lutam para decidir qual equipe será a campeã. Porém K' sai vitorioso uma vez mais, surpreendendo a todos pelo fato e indo até o Sky Noah para a luta final contra Adelheid e Rose Bernstein.
Filhos de Rugal, eles apenas querem continuar o legado do seu pai, assim lutando contra os vencedores do torneio.
Enquanto isso, o time de Ash discute sobre a derrota, Shen fica furioso e parte dizendo que ira ficar mais forte, logo apos isso Duo Lon sente a presença de Ron e parte para procura-lo dizendo que tem negócios a resolver, enquanto isso Ash parece calcular um plano e desaparece logo em seguida
Enquanto isso no Sky Noah, Adel ataca violentamente os vencedores do torneio. Depois de muita batalha, K' consegue vencer Adel, enquanto Rose não aceita aquilo. Adel explica que uma derrota, é uma derrota, não valeria a pena continuar lutando até vencer ou morrer.
Enquanto isso Chizuru e Maki são derrotadas por Kyo e Iori. Enquanto uma figura misteriosa se apresenta, mostrando que estava manipulando Chizuru, era Botan…
Ela diz que Chizuru e Maki foram meras marionetes usadas para romper novamente o selo de Orochi, e que agora não tinham mais utilidade.
Kyo pergunta de onde é que ela veio, e Botan responde que é da terra longínqua(Those from the Past ou Harukeshi Ka no Chi yori Izuru Monotachi em japonês), e de repente surge uma figura assustadora.
Seu corpo era todo negro, aparentemente formado de pedras e rochas, e chamava-se Mukai, e diz que eles vão transformar o mundo e alimentar o poder de Orochi. Kyo e Iori enfrentam Mukai, porém estavam enfraquecidos após a luta contra Chizuru… Naquele momento, Ash fica observando cada detalhe. Sem mais forças, Kyo e Iori apenas vêem uma misteriosa figura surgir em sua frente… era K', que estava totalmente abatido e inicia um confronto contra Mukai quando entende que aquele era o ser de sua visão.
Mukai revela que sua organização estava por trás do novo torneio KOF, e os seus planos não eram envolvê-lo diretamente. Ele afirma que o selo de Orochi foi quebrado, e o poder do Orochi entrou em seu mestre. Possivelmente ele seja da familia de Orochi, já que ele continua a missão de Orochi.
Depois de muito combate, K' explode em chamas, perdendo o controle e desferindo um golpe que derrota Mukai.
Então Kyo, Iori e K' saem vitoriosos, porém surpresos pois Mukai não teria sido eliminado. K', Kyo e Iori observam uma enorme mão surgir e levar Mukai e Botan para um lugar desconhecido, onde aparecem outras figuras misteriosas.
Mukai diz que eles precisam se preparar para o que está por vir, pois o mundo estará pronto para a nova Era.
Após isso Chizuru aparece, e os demais do time de K' o levam desacordado. Chizuru tenta explicar o quão preocupante a quebra do selo seria, mas antes que termine e atacada por Ash que rouba seu tesouro, o espelho Yata e a joga sobre Kyo. Kyo pergunta o motivo daquilo, enquanto Iori tenta atacar Ash, percebendo que o mesmo conseguiu assimilar o poder de Chizuru…
Ash promete que Iori será o próximo e desaparece. Irritado, Kyo se pergunta o que ocorrerá… "Mukai, Orochi, Ash…" Enquanto arde uma vez mais as poderosas chamas Kusanagi em seu braço.
Longe dali, K' acorda e pergunta se aquilo havia sido um sonho, pois não queria acreditar no futuro que o mundo teria.
Enquanto Whip ligava para Diana buscando informações sobre como Kula estava...
K' se recorda das palavras de Mukai, se irritando mais ainda e perdendo o controle de suas chamas mais uma vez.
Maxima pergunta se era algum problema com a luva, mas K' diz que o problema residia dentro dele. Indo embora em seguida sem olhar para trás.
O Selo de Orochi estava uma vez mais rompido, para trazer novamente desgraça e tirar as esperanças das pessoas.
Enquanto Whip ligava para Diana buscando informações sobre como Kula estava...
K' se recorda das palavras de Mukai, se irritando mais ainda e perdendo o controle de suas chamas mais uma vez.
Maxima pergunta se era algum problema com a luva, mas K' diz que o problema residia dentro dele. Indo embora em seguida sem olhar para trás.
O Selo de Orochi estava uma vez mais rompido, para trazer novamente desgraça e tirar as esperanças das pessoas.