Mais um ano se passa e a modalidade de 4 vs 4 continua, assim alguns integrantes saíram e novos entraram. Os que entraram foram:
Vanessa uma mulher mais experiente de aparentemente 30 anos, uma mercenária com grande agilidade e socos extremamente efetivos.
E Seth um anônimo lutador que usa defesa pessoal em grande escala.
Ambos foram contratados pela NESTS para investigar respectivos grupos, Vanessa se encarrega de levar a seu general os guerreiros mais fortes e traidores da NESTS, K' e Maxima. Enquanto Seth esta encarregado de destruir Ron líder do lendário clã de ninjas assassinos Hizoku, que estava desaparecido até então.
Lin um dos quatro ninjas da elite lendária Hizoku foi enviado por seus superiores para investigar e exterminar alguns membros da NESTS, só que quando tentou matar Seth o mesmo disse sobre o desaparecimento de Ron que seria seu rival, então o mesmo se reuniu ao time Benimaru, Shingo e Seth para capturar o mesmo.
Ramon um super "Luchador" conhecido como El Diablo Amarillo, foi convidado pela agente Vanessa para entrar no Time Heroes com K' e Maxima, e este desejando expandior seus horizontes entra no time, e também...para ficar próximo de Vanessa que havia tornado-se seu amor.
E por fim Hinako Shijou uma garota jovem que desde muito nova treina e leva o sumô como sua vida, tenta criar um dojo no seu colégio e como não conseguiu fundos suficientes viu sua oportunidade ao saber que o Female Team(time feminino) precisava de um quarta integrante, e conseguiu sua jaga provando sua força após derrotar Yuri Sakasaki em uma luta simulada.
E Foi dito, é claro, que dessa vez Nests estaria fora de qualquer envolvimento com o torneio e dessa vez o local do torneio foi onde tudo começou, nada mais nada menos que Southtown.
Assim, o torneio começa com as seguintes equipes: Enquanto muita luta rolava no torneio, K' e sua equipe andavam tranquilamente pelas ruas de Southtown e de repente K' sentia que algo estava terrivelmente errado, e manda que Maxima e os outros amigos saiam. Maxima quer saber por que K' está tão nervoso, mas K' não entende a razão. Atento a preocupação de K', Maxima pega Vanessa e Ramon pelas cabeças e foge diretamente para a zona das fábricas de Southtown, em busca de uma cobertura. Enquanto isso, K' estava no meio de uma grande tempestade de neve. A água das docas congelou imediatamente, e os navios ficaram presos. K' zomba, e cumprimenta seu próximo oponente: uma mulher jovem com longos cabelos azuis, e olhos perdidos. Ela usava uma roupa similar a de K' e se apresentou como Kula.
Kula Diamond, conhecida como projeto anti-K'.
K' encolhe os ombros, e assim começa a eterna briga entre os elementos rivais: fogo e gelo. Enquanto isso, Maxima, Vanessa e Ramon conseguiram encontrar um abrigo dentro de uma fábrica abandonada localizada perto do centro de Southtown.
Ao mesmo tempo, na sala de comando dos Guerreiros de Ikari, Heidern tenta entrar em contato com o seu melhor tenente, Ralf Jones. Ralf está situado longe do local designado, o que perturba Heidern já que os soldados já estavam lá, e todos eles poderiam estar precisando de ajuda (afinal de contas, K' e Maxima destruiram uma unidade inteira de mercenários no ano passado).
Ling interrompe e diz: "Isso não será problema por muito mais tempo". Heidern exige uma explicação, e Ling sugere que os soldados localizados na fábrica deveriam virar no elevador, e então ativar o gerador subterrâneo. Heidern fica com mais dúvidas, e Ling continua: "deste modo, nós poderemos ativar o Canhão Zero". Heidern se recorda do nome, um satélite que tinha sido lançado para descobrir e destruir bases escondidas do cartel Nests, feito por Ling para a missão. Heidern lembra Ling que o único propósito deles é capturar K' e Maxima, e investigar o paradeiro do cartel Nests. "Sim, oficialmente", diz Ling com um sorriso sinistro.
Quando Heidern estava a ponto de reclamar, é preso imediatamente pelos soldados de Ling sob a mira de suas armas! "Que tipo de idéias você tem em mente?", fala Heidern. "Você não tem que saber de coisa alguma", Ling sorri. "Você não passa de um mero espectador, e eu... Eu sou o executor!
De repente uma sombra misteriosa dá boas vindas aos lutadores. Vanessa grita: "Comandante! O que significa tudo isso?". A pessoa misteriosa caminha para a luz. É Ling, mas vestido com uma roupa extravagante. Olhando novamente, ele se parece muito com Ling mas, simplesmente, não era Ling! Heidern exige que o falso Ling diga seu verdadeiro nome, e o falso Ling lhe dá a resposta: Zero. Como não poderia deixar de ser, Zero era um membro do cartel Nests que tinha tomado o lugar de Ling, o eliminando e usando habilidades de clonagem para assumir sua identidade.
Zero também foi o homem responsável pela eliminação de Krizalid no ano passado e era dele a voz misteriosa atrás da luz. Conseqüentemente, é revelado que Seth e Vanessa também são agentes de Nests sob as ordens de Zero. Porém, eles foram enganados em trazer os lutadores mais fortes do último torneio The King of Fighters.
Zero como um guerreio muito habilidoso capaz de usar a arte das sombras facilmente derrota Benimaru, Lin, Vanessa, Seth, Maxima, Ramon e Shingo.
De repente K' aparece, porém está fraco de sua batalha contra Kula. Zero estoura em risadas, e insulta K': "Como você pode esperar me derrotar em tal estado? Você não pode nem mesmo me servir com sua própria alma!". Mas, quando Zero se aproxima para eliminar K', sente o corpo inteiro enfraquecer. O que poderia ser isso? Com sua energia restante, K' emana suas últimas forças e as concentra em sua mão. As pressas ele da um golpe direto em Zero. O impacto iminente faz o templo inteiro estremecer, K' começa a ajudar seus companheiros e seus antigos amigos. Ele parece ter derrotado Zero... ou assim ele pensava.
Em sua forma sombria, Zero confundi a todos e caminha até sua máquina de destruição.
Ele segura um gatilho com um sorriso sórdido em sua face. "Você está condenado!", Zero sorri. "Até mesmo se você me derrotar, nada pode parar o Canhão Zero agora! Desapareça na luz de um mundo novo!". As coisas pioram quando os líderes mundiais recebem a notificação da captura de Zero... por Ling. O chamado diz que isso será feito através de uma surpresa.
Zero aperta o botão do gatilho para fritar os guerreiros feridos com o Canhão Zero, mas nada acontece. O gerador fecha de repente e Zero fica mais que confuso. Ele é imobilizado por uma força estranha ao seu redor. Imediatamente, duas mulheres aparecem ao seu lado.
As duas mulheres fatais chegam a Zero. Elas são bonitas, no entanto são mortais. As duas silenciosamente falam a Zero que seu destino está selado. Os traidores para Nests merecem nada menos que a morte. Tentando destruir seus superiores com o Canhão Zero, Zero assinou sua própria sentença de morte. Uma das mulheres é chamada por alguém através de um transmissor de rádio. É Kula que está situada sobre o Canhão Zero no espaço! Kula tinha reprogramado o Canhão Zero para não responder ao controle principal (na posse de Zero), ao invés disso ela o ativa manualmente. Kula aponta o Canhão Zero diretamente para a posição onde está Zero.
Zero se consome em medo e agonia.
Os lutadores sobreviventes são levados a escapar do impacto iminente. Na fuga, entretanto, os heróis encontram duas figuras misteriosas, no entanto familiares de um modo estranho.
Olhando com mais atenção percebem que é Kyo Kusanagi e Iori Yagami! K' sente o sangue ferver de ansiedade, mas ele sabe que não pode enfrentar Kyo em tais condições. Kyo então sorri confiante e diz: "Nós cuidaremos do Nests… concentrem-se em escapar". "Hmph… fale por você mesmo, Kusanagi", murmura Iori. "Não seja tão preocupado, Yagami", diz Kyo passando a mão no cabelo. "Eu sei que você está a ponto de desfrutar. Vamos!". Correndo, Kyo luta com os agentes restantes de Nests. Iori lentamente segue atrás: "Ora… os deuses não se aborrecem a jogar com as formigas." Os céus de Southtown emitem uma luz ofuscante e, de repente, há uma explosão enorme. A cidade de Southtown sofre o seu inevitável destino.
Após ter sido construída com uma história de lutas, crimes e matança, a cidade dos pecados, Southtown, finalmente se reduz a nada. Uma cidade que uma vez surgiu da luta, morre agora por isso. A pergunta sobre quantas pessoas inocentes morreram é irrelevante. E o nome NESTS permanece impune.
Kula é salva por Candy, que consegue fazer com que Kula chegue a Terra em segurança.
Whip vai ao encontro de Zero para ter mais informações, o mesmo lhe entrega um disco com dados, sanando todas as suas dúvidas.
Depois da destruição total de Southtown K' cai inconciente e vê uma menina chorando, e depois de algum tempo Maxima consegue reacordar K' que encontra a Whip de repente a sua frente e percebe que ela é muito parecida com a menina!
De repente Whip pergunta se ele estava sonhando com uma menina chorando, assim K' fica muito espantado e ambos seguem sozinhos para acabar com a NESTS, com K' retirando sua luva e não perdendo o controle das chamas, mostrando assim que obteve total controle de seu poder.